1170: i Comaschi cedettero ai Milanesi la parte orientale del territorio e del castello di Montorfano, ma mantennero il controllo della chiesa.
L’altare dedicato alla Madonna 1196: con un nuovo trattato, i Comaschi cedettero ai Milanesi la parte restante del territorio di Montorfano, la fortezza e la chiesa parrocchiale, ricevendo in cambio la terra di Caccivio.
1197: venne restaurata la casa parrocchiale per opera di Giovanni Rusca, console della Repubblica Comasca.
1497: venne eretto l’altare dedicato alla Madonna e alla Santissima Trinità per volere del sac. Beltramo Ciceri, rettore della chiesa. Successivamente, in data non nota, venne eretto anche l’altare dedicato a San Rocco.

1578: la chiesa fu ricostruita dalle fondamenta. Le spese vennero finanziate da Nicolò Mandelli. In tale occasione fu rifatto anche il campanile, con una sola campana, alto 40 braccia (m.22).
12 luglio 1582: San Carlo consacrò la chiesa e l’altare maggiore.
chiesa 1580 1579 e 1582: visite pastorali di San Carlo. Nei documenti della Visita si trova una descrizione della chiesa: “L’altare era rivolto a settentrione (omiss); oltre l’altare maggiore c’erano due altari minori. La chiesa era lunga cubiti 29 (m. 12,76), larga cubiti 18 (m.7,92), alta cubiti 26 (m. 11,44). Il campanile era presso l’altare maggiore dal lato del vangelo. Aveva il battistero posto alla sinistra della porta principale. Sul frontespizio tre finestre. Quattro finestre a levante e tre a ponente. Due porte ad oriente: una che conduceva alla casa del parroco, l’altra che introduceva nella proprietà Mandelli. “
1606: visita da parte del card. Federico Borromeo. Dai documenti della visita si rese nota una ristrutturazione della chiesa: “l’altare maggiore è rivolto ad oriente. Tre finestre sul frontespizio, due sul lato settentrionale e due sul lato meridionale. La cappella della Madonna e della Santissima Trinità sul lato nord: lunga cubiti 5 (m. 2,20), larga cubiti 9 (m.3,96), alta cubiti 8 (m. 3,52). Dal lato opposto, cioè a sud, la cappella di San Rocco, con dimensioni uguali a quella corrispondente”.
1666: la torre campanaria venne innalzata ed abbellita. Negli anni successivi vennero aggiunte altre due campane e installato l’orologio a martello.

18 maggio 1764: visita del Cardinale Giuseppe Pozzobonelli, da Alzate. Negli atti della visita si legge che: “la chiesa è stata costruita con una sola navata e ha una porta sola rivolta verso ponente. (omiss.) Il pavimento è in cotto. Alle pareti sei finestre molto alte. Dal piano chiesa due gradini di marmo portano alla cappella maggiore. Da qui, salendo due gradini di legno si giunge all’altare. Il battistero è di forma quadrata”. L’orientamento della chiesa era dunque quello del 1606.
1794: nuova ristrutturazione della chiesa. Essendo il soffitto in stato precario, si mise la volta a tutta la chiesa e la si abbellì con lesene e cornicioni sia al’interno che sulla facciata. Probabilmente fu proprio in questa occasione che la chiesa ritornò come ai tempi di San Carlo, con l’abside rivolta a settentrione come oggi.
1839: le campane furono portate a cinque.

1908: il parroco Don Casimiro De Cani dedicò alla Sacra Famiglia un altare minore posto sul lato orientale della chiesa, in sostituzione di quello che fu di San Rocco.
L’altare delle Reliquie L’altare dedicato alla Sacra Famiglia 1926: il parroco Don Leone Galbusera, con le offerte della popolazione, fece sfondare la boegia, cioè il corridoio stretto e buio a ponente della chiesa. L’altare della Madonna fu arretrato e si fece posto per l’altare di Sant’Antonio, oggi delle Reliquie.
1943: per ordine del Ministero della Guerra, vennero tolte dal campanile le due campane più grosse.
1950: il numero di campane tornò ad essere cinque con il contributo del Ministero dei Trasporti, Ufficio Ripristino Campane, come rimborso per le campane a suo tempo asportate per esigenze belliche. Le campane portano tutt’oggi le seguenti scritte:

• prima campana: “Cantate Deo Psallite Domino”
• seconda campana: “S. Ioannes Evangelista Ora Pro Nobis”
• terza campana: “Clamavero Ad Te Domine Intende Vocem Orationis Meae”
• quarta campana: “Dignare Me Laudare Te Virgo Sacrata”
• quinta campana: “Intende Domine Vocem Meam Cum Clamavero Ad Te”

ad indicare che il suono delle campane è un invito a cantare e pregare il Signore, a lodare la Madonna e a invocare il Patrono della parrocchia, San Giovanni Evangelista.
1954: a ricordo dell’Anno Mariano, il campanile venne ristrutturato, guarnendo di lamiere la cupola e tinteggiandolo con colore simile a quello della facciata della chiesa.
1960: si acquistò un congegno elettrico per il suono automatico delle campane.

1974: la chiesa fu arricchita al centro dell’abside con la vetrata che raffigura il Cristo Risorto. L’opera fu eseguita dalla ditta Pallavera di Milano su donazione della popolazione, in occasione dell’entrata del nuovo parroco, don Eustorgio Mattavelli.
Luglio 1974: nuova ristrutturazione del tetto e abbattimento della vecchia casa parrocchiale, con la costruzione della nuova canonica.
1975: realizzazione del nuovo altare. Per aumentare la capienza della chiesa, il vecchio presbiterio venne trasformato in spazio utile per i fedeli. Il nuovo presbiterio, in marmo giallo Siena, poggia su un basamento ottagonale di marmo rosso, con le sue componenti: la stele con il tabernacolo, l’altare, il leggio, il seggio e il battistero. Dettaglio del basamento dell’altare Sul basamento sono scolpiti i nomi delle dodici tribù di Israele. Il sostegno dell’altare è composto da dodici blocchi sfaccettati: il simbolo dei dodici apostoli, i cui nomi sono scolpiti sul rettangolo marmoreo di base. Il nuovo presbitero venne progettato dall’architetto Gaetano Banfi.
1976: vennero eliminati gli altari minori e rimasero solo le nicchie, con delle mensole di marmo di Carrara. Si semplificò molto la decorazione interna della chiesa per opera del signor Leandro Giustioni, rendendola più sobria e omogenea così da far emergere la linea architettonica della chiesa stessa. Una generosa offerta coprì totalmente la spesa. Al termine dei lavori venne posta sotto la vetrata del Cristo Risorto la nuova Via Crucis in legno, opera degli artisti della Val Gardena.
1982: passaggio della parrocchia sotto la diocesi di Como
2001: rifacimento della pavimentazione della chiesa
2010: spostamento dell’organo nella sua collocazione originaria, sopra il presbiterio. Nel mese di Ottobre: inaugurazione del nuovo “Salone Maggiolini” presso la casa parrocchiale e benedizione della nuova corona per la statua della Madonna.
2012: ristrutturazione della chiesa e consacrazione del nuovo altare.
Guarda su YouTube il servizio realizzato da Espansione TV il 27 dicembre 2012.